INTRODUCCIÓN
El 25 de mayo de 1829 se creó el Estado Mayor General del Ejército Nacional por el Mcal. de Zepita Andrés de Santa Cruz y Calaumana, que posteriormente fue denominado Comando en Jefe el 31 de enero de 1949.

A lo largo de la existencia de la vida política de nuestro país, se han gestado golpes militares de gobierno, algunas veces contra el poder legalmente constituido y otras entre los mismos gobiernos militares de facto. Entre ellos podemos nombrar el golpe de Estado acaecido el 17 de julio de 1980, donde los actores principales fueron el Gral. Luis García Meza y Coronel Luis Arce Gómez. Para la efectivización de este golpe de Estado, se concentraron en el Departamento II del Estado Mayor del Ejército, los grupos armados irregulares, previamente organizados e integrados por civiles de conocida trayectoria delictiva y represiva bajo el denominativo de GOEs (Grupos Operativos Especiales) que, junto a los funcionarios de la Dirección de Investigación Nacional (DIN) y varios oficiales de las FF.AA., en las primeras horas de la mañana del 17 de julio de 1980 conformaron grupos de choque que, en ambulancias previamente secuestradas de la Caja Nacional de Seguridad Social, salieron del Estado Mayor con destino a la Central Obrera Boliviana, al Palacio de Gobierno y a los principales medios de comunicación social.

ANTECEDENTES HISTÓRICOS
Un caso emblemático que involucra a este recinto Militar del Estado es el referido a la desaparición de los restos de Marcelo Quiroga Santa Cruz, al respecto, la Comisión de la Verdad, en base a casos de desaparecidos forzados en otros países o en otros momentos históricos elaboraron varias hipótesis en procura de encontrar un hilo conductor a lo que pudo haber sido el destino final de sus restos y los de Carlos Flores Bedregal.

Hipótesis planteadas indican que el cadáver de Marcelo Quiroga pudo haber sido descuartizado y enterrado en diferentes lugares del país; otra posibilidad es que fuera enterrado o arrojado en un lugar no revelado, mismo que puede ser la vera de un camino, un despoblado o en un barranco. También se esbozó la hipótesis de que pudo haber sido arrojado desde un avión en medio de la selva amazónica o que pudo haber sido llevado al matadero de reses de La Paz para ser destazado y desaparecido con el resto de los desechos que genera ese lugar.

Otra hipótesis acepta que fue incinerado, como afirma la versión militar, pero que las cenizas y restos fueron arrojados a un río y que a la familia sólo se le entregó una parte. Todas estas hipótesis si bien son factibles, no pueden ser demostradas ya que no existen testimonios serios ni evidencias concretas que las respalden.

La Comisión de la Verdad considera:

Otra hipótesis, muy plausible, de que los restos de Quiroga Santa Cruz hayan sido enterrados en una fosa común o en un nicho con nombre falso en un cementerio de La Paz o El Alto. Pero no se puede descartar la posibilidad de que esos restos no hayan salido del Estado Mayor del Ejército desde el 17 de julio de 1980 y que se encuentren sepultados en algún lugar de esa ciudadela militar.

Al respecto, son muy conocidas las versiones que indican que los restos del líder socialista estarían enterrados debajo del mástil del patio principal del Estado Mayor. Otras versiones sostienen que el lugar de enterramiento habrían sido las caballerizas y otros señalan que el lugar es el que se conoce como “la perrera”. 

En los 90 se excavó en los terrenos aledaños al Estado Mayor, en las inmediaciones de lo que hoy es la Avenida Zavaleta, pero sin resultados positivos.

A pesar de eso, la negativa de las sucesivas autoridades militares a permitir excavar dentro del Estado Mayor siempre generó resquemores, más aún ahora si se considera el reciente hallazgo de restos humanos en un recinto militar en Uruguay, mismos que datan de la época de la dictadura en ese país.

Esto hace pensar que las dictaduras militares en Bolivia también pudieron haber enterrado a varias de sus víctimas dentro de sus cuarteles.

Para verificar todas las hipótesis planteadas y sus posibilidades, es necesario todo un conjunto de gestiones y operaciones burocráticas y legales que posibiliten intervenir dentro del Cementerio General de La Paz, en las oficinas de los gobiernos municipales de La Paz y de El Alto, a fin de buscar no solamente información documental, sino también físicamente en las dependencias de esas instituciones. Asimismo, para efectuar una búsqueda de restos humanos en el Estado Mayor del Ejército, es necesario hacerlo con equipo de alta tecnología, como un georadar, para observar debajo de la superficie.